Le Comité National veille quotidiennement à la réalisation de l'objet social de la SCOGO.

• Il a la gestion des activités scientifiques ;
• Il prépare les Congrès nationaux, internationaux, et autres rencontres scientifiques ;
• Il statue sur les candidatures des membres ;
• Il est l'organe disciplinaire de la Société, à ce titre,
• Il examine les cas litigieux.

Le Comité National est composé de onze membres suivants :

• Un Président National
• Trois Vice-présidents
• Un Secrétaire Général
• Un Secrétaire Général Adjoint chargé des Relations extérieures
• Un Secrétaire Général Adjoint chargé des Activités scientifiques
• Un Trésorier
• Un Trésorier Adjoint
• Trois Conseillers, à raison d'un conseiller par région